세금계산서
사업비를 썼다는 것을 증명하는 가장 기본적인 증빙. 발행일·공급자·품목 하나만 어긋나도 그 지출이 인정되지 않는다.
- 발급처
- 거래 상대방이 발행 (국세청 시스템에 집계)
- 온라인
- 홈택스에서 발행·조회 — 전자세금계산서가 원칙
- 소요
- 거래 시 발행 · 조회는 즉시
- 유효기간
- 유효기간 개념 없음 — 대신 발행일이 협약 기간 안이어야 한다
- 수수료
- 없음
- 요구하는 곳
- 사업비 정산 · 세액공제 증빙 · 매출·매입 확인
정산의 최소 단위
사업비를 썼다는 주장은 아래 세 가지가 맞물릴 때 인정됩니다.
계약·발주 → 세금계산서 → 전용계좌 이체
셋의 상대방·금액·날짜가 서로 맞아야 하는데 하나만 어긋나도 그 건은 소명 대상이 되며 설명하지 못하면 환수로 이어집니다.
세금계산서는 이 사슬의 한가운데에 놓입니다. 국세청 시스템에 집계되는 만큼 회사가 만들어낼 수 없는 증빙이라 무게가 실리죠.
발행일이 협약 기간 안이어야 한다
정산에서 가장 자주 걸리는 항목이 이것입니다. 사업비는 협약 기간 중에 집행한 것만 인정됩니다.
- 협약이 시작되기 전에 발행된 계산서 → 인정 안 됨
- 협약이 끝난 뒤에 발행된 계산서 → 인정 안 됨
- 물건은 기간 중에 받았지만 계산서가 나중에 발행된 경우 → 소명 필요
애매한 건 세 번째 경우입니다. 발행일은 공급시기 규정에 따라 정해지므로 거래 상대방과 조율이 필요할 수 있습니다. 그래서 실무에서는 협약 종료가 다가오면 미발행 건이 남아 있지 않은지부터 확인합니다.
반대로 협약 시작 전에 급하다고 미리 사두면 그 지출은 사업비가 아니라 회사 돈이 됩니다.
발행일이 어디에 떨어지느냐에 따라 갈리는 모습을 그림으로 보면 이렇습니다.
품목이 애매하면 부인된다
계산서 품목란에 “용역대금”, “물품대”, “기타”처럼 적혀 있으면 무엇을 샀는지 알 길이 없습니다. 정산 담당자로서는 그 지출이 협약한 비목에 맞는지 판단할 수 없으니 추가 자료를 요구하거나 아예 부인하게 됩니다.
그러니 발행을 요청하는 단계에서 품목을 구체적으로 적어달라고 하세요. 거래처 쪽에서는 아무 차이가 없는 일이지만 우리 쪽 정산은 여기서 갈립니다.
비목별로 무엇이 인정되는지는 사업화 자금 비목별 집행에 따로 정리해 두었습니다.
특수관계자 거래는 대부분 막힌다
대표 개인이나 가족, 대표나 직원이 몸담았던 회사와 거래한 건은 원칙적으로 인정되지 않습니다. 사업비가 사실상 회사 밖으로 나가지 않는 구조이기 때문입니다.
중기부 창업지원사업의 통합관리지침(제49조)이 사업비를 집행할 수 없는 상대로 꼽는 경우는 다음과 같습니다.
- 창업자 본인, 창업자의 배우자 또는 직계존비속
- 배우자·직계존비속이 대표자나 임직원으로 재직 중인 기업
- 창업자 본인이 대표자나 임직원으로 재직 중이거나 재직했던 기업
- 회사가 채용한 임직원이 대표자나 임직원으로 재직 중이거나 재직했던 기업
뒤의 두 경우는 그 기업에서 퇴직한 지 2년이 지났다면 예외로 봅니다.
정산에서는 이걸 어떻게 알아낼까요. 주주명부와 등기부, 거래처 사업자번호를 대조하면 드러나므로 우연히 넘어가기를 기대할 항목이 못 됩니다.
지침에 적힌 예외는 퇴직 2년 경과 하나뿐입니다. 애매하면 집행 전에 주관기관에 먼저 물으세요. 일이 끝난 뒤에는 손쓸 방법이 없거든요.
부가세는 사업비인가
헷갈리는 사람이 많은 대목인데, 중기부 창업지원사업은 답이 정해져 있습니다. 통합관리지침은 부가세와 관세 등 사후 환급금을 사업비에서 집행할 수 없다고 정해 두었고(제49조) 예외는 예비창업자의 관세 하나뿐입니다.
이렇게 정한 건 일반과세자가 매입세액을 공제받기 때문입니다. 부가세를 사업비로 또 인정하면 이중 혜택이 됩니다. 다른 부처·지자체 사업은 기준이 따로 있으니 공고문과 세부관리기준의 사업비 산정 기준을 확인하고 예산을 짤 때부터 그 기준으로 계산하세요. 나중에 알게 되면 예산이 10% 어긋납니다.
참고로 세금계산서의 공급받는자 칸에는 예비창업자라면 개인 주민등록번호를, 창업 이후라면 사업자등록번호를 적습니다(같은 조).
계산서가 안 나오는 거래
간이과세자나 면세사업자와 거래하면 세금계산서 대신 계산서나 다른 증빙이 나옵니다. 카드 매출전표나 현금영수증이 인정되는 경우도 있습니다.
인정 범위는 사업마다 달라 지침을 봐야 합니다. 그래도 원칙은 하나로, 거래 상대와 금액과 날짜가 객관적으로 확인되는 증빙이어야 합니다. 간이영수증은 그 조건을 맞추지 못할 때가 많습니다. 중기부 창업지원사업 지침은 한발 더 나가 세금계산서나 신용카드로 결제할 수 없는 개인과는 아예 거래할 수 없다고 정합니다(제47조, 멘토링비 제외).
정리
- 계약, 세금계산서, 이체의 세 가지가 상대방·금액·날짜에서 서로 맞아야 합니다.
- 발행일이 협약 기간 안이어야 합니다. 종료 전에 미발행 건이 없는지 점검하세요.
- 품목을 구체적으로 적어 받지 않고 “물품대”로 받으면 정산에서 되돌아옵니다.
- 특수관계자 거래는 원칙적으로 부인되며 퇴직 2년 경과 외에는 예외가 없으니 집행 전에 물어야 합니다.
- 중기부 창업지원사업에서 환급받는 부가세는 사업비로 치지 않습니다. 다른 사업은 공고 기준을 따르되 예산을 짤 때부터 그에 맞춰 두세요.
기준 「부가가치세법」과 국세청 홈택스 공개 안내 기준 (2026년 9월 3일 확인), 부가세·특수관계자·개인 거래 기준은 「중소기업창업 지원사업 통합관리지침」 제14차(2025년 12월 23일 전부개정) 제47조·제49조 기준 (2026년 9월 24일 확인). 정산에서 인정하는 증빙의 범위는 사업마다 다르므로 해당 사업의 정산 지침이 우선합니다.
근거 자료
- 부가가치세법 — 국가법령정보센터
- 국세청 홈택스
- 「중소기업창업 지원사업 통합관리지침」 제14차(2025.12.23. 전부개정) 개정 안내 — 벤처투자종합포털 (2026-09-24 확인)
- K-Startup 창업지원포털
발급처·수수료·유효기간은 제도 개정과 시스템 개편에 따라 바뀝니다. 실제로 떼기 전에 위 원문에서 확인하세요.