기업부설연구소 인정 받은 뒤, 취소되지 않으려면 챙길 날짜들

한 줄 답

기업부설연구소는 인정서를 받는 순간 끝나는 제도가 아닙니다. 인정기준을 “상시” 유지하고, 정해진 날짜에 신고·제출을 해야 유지되는 상태입니다.

날짜로 줄이면 셋입니다. 변경이 생기면 30일 이내 변경신고, 매년 4월 30일까지 연구개발 실적 제출, 인원 기준이 깨지면 보완명령 기간(원칙 1개월) 안에 복구인데, 취소 사유 열 가지 중 상당수가 이 세 날짜를 놓친 데서 나옵니다.

요건과 취소 사유 목록 자체는 기업부설연구소·연구개발전담부서 설립 요건과 실익에 정리해 두었습니다. 이 글은 그다음 이야기로, 받은 뒤 1년을 어떻게 굴리는지 다룹니다.

인정은 “상태”다 — 무엇을 계속 지켜야 하나

인정 이후에도 연구소법이 요구하는 일은 두 묶음으로 나뉩니다.

첫째는 인정기준을 계속 충족하는 일입니다. 시행령 제6조은 연구전담요원을 “상시 확보할 것”이라고 씁니다. 인정받을 때 인원이 맞았던 것만으로는 부족하고 그 뒤에도 계속 맞아야 하지요.

둘째는 준수사항을 지키는 일입니다. 법 제9조와 시행령 제9조를 합쳐 표로 옮기면 아래와 같습니다.

근거	준수사항
법 §9 1호	연구전담요원은 생산·판매·영업 등 다른 업무를 겸하지 않는다 (창업 3년 미만 소기업에서 연구소 근무자가 대표를 겸하는 경우는 예외)
법 §9 2호	단독주택·공동주택·무허가 건물·가건물에 연구소를 두지 않는다
법 §9 3호	매년 연구개발 실적을 제출한다
법 §9 4호	실태조사 등을 위해 요청받은 자료를 제출한다
영 §9 1호	연구전담요원·연구보조원이 연구에 전념할 수 있도록 연구 외 업무를 하는 상시 근무 종업원을 둔다
영 §9 2호	연구소는 하나의 주소지에 둔다 (각 주소지에 독립 연구시설과 상시 근무 인원 1명 이상이 있으면 주·부소재지로 나눌 수 있음)
영 §9 3호	연구 인력은 연구소 연구시설에서 근무한다 (감염병 대응 등은 신고 후 예외)

가장 자주 무너지는 준수사항은 1호의 겸직입니다. 연구원으로 올려둔 직원이 영업 미팅을 뛰고 생산 라인 관리까지 겸하는 구조는 작은 회사에서 자연스럽게 생기는데, 조문은 이것을 금지합니다.

시행령 제9조제1호(연구 외 업무를 하는 상시 근무 종업원)는 초기 기업에서 해석이 필요한 자리인데요, 대표와 연구원만 있는 구조에서 이 조항이 어떻게 적용되는지는 조문만으로 판단하기 어렵습니다. 해당된다면 한국산업기술진흥협회(KOITA)에 먼저 확인하세요.

1년 달력 — 매년 같은 날 돌아오는 것

4월 30일 — 연구개발 실적 제출

시행규칙 제8조은 연구개발 실적을 매년 4월 30일까지 한국산업기술진흥협회에 제출하라고 정합니다. 과기정통부 고시인 「기업부설연구소와 연구개발전담부서 신고요령」 제7조는 이 실적을 연구개발활동조사표라는 서식으로 매년 4월말까지 내도록 합니다. 실무에서는 이걸 “연구개발활동조사”라고 부릅니다.

이 제출은 의무입니다. 법 제9조제3호의 준수사항이라서 빠뜨리면 법 제8조제1항제7호(준수사항 위반) 취소 사유에 걸립니다. 연구개발비 숫자가 그때 정리되니 매년 3월 법인세 신고를 마친 직후가 준비하기 좋은 시점입니다.

수시 — 사후관리 대상 선정

같은 고시 제5조는 KOITA가 매년 대상을 선정해 인정요건 유지와 운영 상태를 확인하는 사후관리를 할 수 있다고 정합니다. 이때 확인할 수 있는 자료로 조문에 적힌 건 네 가지고요.

• 인정 신청 때 낸 서류의 사본
• 연구전담요원의 학위증명서·졸업증명서(또는 자격증) 사본
• 인사발령서류와 연구노트, 연구 보고서 등 연구개발 활동을 증빙할 수 있는 자료
• 변경신고 관련 서류 사본

준비는 세 번째 항목에 달려 있습니다. 연구노트와 연구 보고서는 나중에 소급해 만들기 어려워서 사후관리 대상으로 선정된 뒤에 쓰기 시작하면 늦습니다.

사건이 생기면 — 30일 안에 변경신고

무엇이 변경신고 대상인가

시행규칙 제5조에 열한 가지가 나옵니다.

구분	변경신고 대상
기업에 관한 사항	명칭 · 소재지 · 대표자 · 기업 유형 · 업종
연구소에 관한 사항	명칭 · 소재지 · 연구 분야 · 연구소장(연구소만) · 연구개발인력 · 연구공간

실무에서 놓치기 쉬운 것은 연구원 입사·퇴사(연구개발인력), 사무실 이전(소재지·연구공간), 그리고 회사 규모 변화(기업 유형: 소기업·중기업 등) 셋입니다. 앞의 둘은 사건이 눈에 보이지만 세 번째는 결산이 끝나야 드러나서 신고할 생각을 못 하는 경우가 많습니다.

30일과 1년은 다른 기한이다

기한	성격	근거
30일	변경신고 의무 기한 — 사유 발생일부터	시행령 제7조제2항
1년	이 기간 안에 신고하지 않으면 인정취소 사유	법 제8조제1항제5호

“변경신고는 1년 안에 하면 된다”는 설명이 돌아다니는데, 조문 순서로 보면 틀린 말입니다. 신고 기한은 30일이고 1년은 그 의무를 방치했을 때 취소 사유가 되는 선이죠.

신고는 별지 서식의 변경신고서에 증빙을 붙여 KOITA에 냅니다. 신고요령 제3조는 처리 기간을 접수일부터 10일 이내를 원칙으로 하되, 현장조사에 드는 기간은 빼고 셉니다. 서류가 미비하면 기한을 정해 보완을 요구받고, 그 기한을 넘기면 서류가 반려될 수 있습니다(같은 고시 제4조).

사람이 빠질 때 — 보완명령이 먼저 온다

연구전담요원 한 명이 퇴사해 인원 기준에 못 미치게 되면 조문은 아래 순서로 움직입니다.

1. 퇴사는 연구개발인력 변경이므로 30일 이내 변경신고 대상입니다
2. 인정기준에 못 미치게 되면 과기정통부장관은 1개월 이상의 기간을 정해 보완을 명해야 합니다(법 제7조제5항). 조문이 “명하여야 한다”로 되어 있어, 곧바로 취소로 가지 않고 보완 기회가 먼저 주어집니다
3. 보완 기간은 1개월이 원칙이고, 기업이 신청하면 2개월 범위에서 연장할 수 있습니다(시행규칙 제6조)
4. 그 기간 안에 보완하지 못하면 인정취소 사유가 됩니다(법 제8조제1항제6호)

채용은 한 달 안에 끝나지 않는 경우가 많습니다. 퇴사가 예정되어 있다면 후임 채용을 보완명령 전에 시작하는 편이 안전하고, 기간이 모자라면 연장 신청을 기한 안에 해야 합니다.

대안도 있습니다. 연구소 인원을 채우기 어렵다면 연구전담요원 1명이면 되는 연구개발전담부서로 전환하는 길이 제도 안에 있습니다(시행령 제6조제1항 사목). 연구소 명칭과 현판을 그대로 둔 채 인원만 모자란 상태로 두는 것보다는 낫습니다.

회사가 자랄 때 — 기준 자체가 바뀌는 시점

인원 기준은 회사 규모에 연동돼 있어서, 아무도 퇴사하지 않았는데 기준 미달이 되는 경우가 있습니다. 시행령 제6조제1항제1호에서 날짜가 달린 조항만 뽑았습니다.

시점	무엇이 바뀌나
소기업 창업일부터 3년이 지날 때	연구전담요원 기준 2명 → 3명. 연구소 근무자의 대표 겸직 예외(법 제9조제1호 단서)도 창업 3년 미경과 소기업에만 해당
소기업이 중기업이 될 때	중기업이 된 날부터 1년까지는 3명, 그 뒤 5명
중견기업이 될 때	7명

벤처기업이 설립한 연구소는 규모와 무관하게 2명 기준이 적용됩니다(같은 호 다목). 그런데 벤처기업확인은 유효기간이 3년이어서 재확인을 놓쳐 벤처 지위가 끊기면 적용되는 인원 기준이 달라질 수 있습니다. 이 경우 어느 시점부터 어떤 기준으로 판정되는지는 조문만으로 확정하기 어려우니 KOITA에 확인하세요. 벤처확인 갱신 일정은 벤처기업확인서 항목에 정리해 두었습니다.

인원 기준이 올라가는 날과 대표 겸직 예외가 끝나는 날이 같은 날이라서, 창업 3년 시점은 달력에 미리 표시해 둘 가치가 있습니다. 대표가 연구전담요원으로 이름을 올려 두었던 회사라면, 그날부터 두 가지가 한꺼번에 어긋납니다.

현장조사 — 7일 전에 통지가 온다

법 제21조은 인정 신청·변경신고 때, 인정기준 유지 점검이 필요할 때, 준수사항 확인이 필요할 때 현장조사를 할 수 있다고 정합니다.

• 조사 개시 7일 전까지 조사목적·기간·범위·제출자료 등을 적은 현장출입조사서를 서면으로 통지받습니다
• 다만 사전 통지로 증거인멸 등이 우려되면 조사 개시와 동시에 제시하거나 구두로 알릴 수 있습니다
• 정당한 사유 없이 거부·방해·기피하면 인정취소 사유(법 제8조제1항제9호)이고, 별도로 300만 원 이하 과태료 대상입니다(법 제27조제2항)

새 법에서 달라진 점이 하나 더 있습니다. 거짓이나 부정한 방법으로 인정을 받거나 연구개발 실적 서류를 꾸미면 인정취소와 별개로 500만 원 이하 과태료가 붙습니다(법 제27조제1항). 그래서 이제 실적 제출을 “형식적인 서류”로 여기기 어렵습니다.

취소되면 같이 무너지는 것

연구소 인정은 다른 제도의 전제조건으로 쓰이므로, 인정이 취소되면 그 위에 올라가 있던 것이 함께 흔들립니다.

① 연구·인력개발비 세액공제부터 보겠습니다. 조세특례제한법 제10조제6항은 연구소 인정취소 등으로 자체 연구개발비가 연구개발비에 해당하지 않게 되면 기준일 이후 발생하는 비용에 세액공제를 적용하지 않는다고 정합니다. 기준일은 같은 법 시행령 제9조제19항이 취소 사유별로 나눕니다.

취소 사유 (연구소법 §8①)	세액공제 배제 기준일
1호 거짓·부정	인정일이 속하는 과세연도 개시일
6호 보완명령 불이행 · 7호 준수사항 위반	인정취소일이 속하는 과세연도 개시일
25호(취소 요청·폐업·폐쇄·변경신고 1년 경과) · 810호	인정취소일

가운데 줄이 실무에서 가장 아픈 자리입니다. 연구개발 실적을 안 내서(준수사항 위반) 가을에 취소되면, 기준일이 그해 1월 1일(12월 결산법인 기준)로 당겨집니다. 그해 상반기 비용까지 이미 공제 대상에서 빠지는 셈입니다.

② 병역지정업체도 영향을 받습니다. 병역법 시행령 제76조제1항제4호는 연구기관이 관계 법령에 따라 연구소 인정이 취소된 경우를 병역지정업체 선정취소 사유로 둡니다. 전문연구요원을 쓰고 있는 회사라면 연구소 관리가 곧 병역지정업체 관리입니다.

③ 벤처기업 연구개발유형도 마찬가지입니다. 벤처기업 연구개발유형은 연구소법에 따라 인정받은 연구소·전담부서를 보유하는 것이 요건입니다(벤처기업법 제2조의2제1항제2호나목). 연구소가 취소되면 요건을 갖추지 못하게 된 경우에 해당할 수 있고, 이는 벤처기업 확인 취소 사유입니다(같은 법 제25조의2제1항제2호, 다만 “취소할 수 있다”). 벤처 유형별 요건은 벤처기업확인 세 가지 유형에 정리해 두었습니다.

거짓·부정으로 취소되면 취소된 날부터 1년이 지날 때까지 인정 신청 자체를 할 수 없습니다(법 제8조제4항). 취소 전에는 청문을 거치고, 청문 15일 전까지 사유와 의견제출 방법을 통지받습니다(같은 조 제2항·제3항). 그 통지가 소명할 수 있는 마지막 지점입니다.

연구소를 가진 회사의 서류를 받아 읽을 때 인정서와 함께 인건비 세액공제 처리를 확인하는 이유도 여기에 있습니다. 인정이 유지되지 않았는데 공제를 받아 왔다면 그 금액이 뒤늦게 문제가 될 수 있기 때문입니다.

정리 — 연구소 유지 달력

• 매년 4월 30일까지 연구개발 실적(연구개발활동조사표)을 제출합니다. 준비는 3월 결산·법인세 신고 직후에 시작합니다.
• 연구원 입퇴사, 사무실 이전, 기업 유형 변화 같은 변경 사유가 생기면 그날부터 30일 안에 신고합니다. 1년은 기한과 별개인 취소선입니다.
• 보완명령을 받으면 그날부터 1개월(연장 시 최대 2개월 범위) 안에 인원을 복구하거나 전담부서로 전환합니다.
• 창업 3년이 되는 날 인원 기준이 올라가고 대표 겸직 예외가 끝납니다.
• 중기업이 되면 그날부터 1년까지는 3명, 그 뒤로는 5명 기준이 적용됩니다.
• 평소에는 연구노트·연구 보고서를 쓰고 연구원 겸직을 막으며 연구시설 외 근무는 신고한 뒤에 합니다.

연구소는 세액공제·병역지정업체·벤처확인의 전제조건이라, 여기서 하나가 무너지면 연쇄로 영향을 받습니다. 인증 제도들이 서로 어떻게 맞물리는지는 기업인증에 순서대로 모아 두었습니다.

기한·인원 기준·서식은 개정됩니다. 이 글은 2026년 2월 시행된 연구소법 체계 기준이고, 실제 처리 전에는 한국산업기술진흥협회의 최신 안내와 연구소 인정서 발급 기관의 공지를 먼저 확인하세요.