기업부설연구소·연구개발전담부서 설립 요건과 실익

한 줄 답

둘은 규모에서 갈립니다. 전담부서는 연구전담요원 1명이면 되는 반면 연구소는 기업 규모에 따라 2~10명이 필요합니다.

그런데 실무에서 더 자주 막히는 쪽은 사람이 아니라 공간입니다. 파티션으로 나눈 자리는 연구공간으로 인정받지 못합니다.

전담부서와 연구소, 무엇이 다른가

	연구개발전담부서	기업부설연구소
연구전담요원	기업 규모 무관 1명 이상	규모에 따라 2~10명
연구공간	필요	필요
현판	필요	필요
명칭	연구실·연구부·개발실·R&D팀 등	기업부설연구소·기술연구소·R&D센터 등

이름은 섞어 쓸 수 없어서 전담부서가 “○○연구소”라는 현판을 달 수 없고 그 반대도 마찬가지입니다.

인원이 모자라면 전담부서로 시작하는 게 정석이고 나중에 사람이 늘었을 때 연구소로 전환해 인정 신청을 하면 됩니다.

연구전담요원 — 몇 명인가

기업 규모별 기준은 시행령 제6조제1항제1호에 나와 있습니다.

구분	연구전담요원 수
벤처기업	2명 이상
연구원·교원 창업기업	2명 이상
소기업	3명 이상 (창업일로부터 3년까지는 2명)
중기업	5명 이상 (소기업에서 중기업이 된 날부터 1년까지는 3명)
중견기업	7명 이상
대기업	10명 이상
해외소재 연구소	규모 무관 5명 이상
연구개발전담부서	규모 무관 1명 이상

초기 기업이라면 눈여겨볼 완화 규정이 두 가지 있습니다.

• 창업 3년 이내 소기업은 2명이면 됩니다
• 같은 기간 동안 연구전담요원 자격을 갖춘 대표이사의 겸직이 허용됩니다

대표가 자격 요건(학위·전공·자격증)을 충족하고 실제로 연구업무를 수행한다면 대표 1명 + 직원 1명으로도 연구소 인정 신청을 할 수 있습니다. 다만 이 완화는 창업 3년까지입니다. 3년이 지나면 3명을 채워야 하고 대표 겸직도 끝납니다.

자격이 안 되는 사람 — 여기서 계획이 어긋난다

인원 수만 세다 보면 여기서 막힙니다. 시행규칙 제2조제8항은 이를 세 묶음으로 정해 두었습니다.

• 직원임을 증명할 수 없는 사람. 건강보험 가입자 명부, 국민연금 사업장가입자 명부, 근로소득 원천징수부 등으로 확인하므로 4대보험에 안 걸려 있으면 여기서 막힙니다
• 임직원이지만 전담이 불가능한 사람
  • 대학원 주간과정 재학자 (기업의 연구개발과 관련된 박사과정, 또는 국가연구개발사업에 참여하면서 석사과정에 있고 연구개발활동에 지장이 없는 경우는 제외)
  • 연구소에서 계속하여 6개월 이상 연구개발활동을 수행할 수 없는 사람
  • 대표자·감사·비상임이사 등 직무상 상시 연구개발활동을 전담할 수 없는 사람 (창업 3년 미만 소기업 대표자가 연구개발 관련 업무를 하는 경우는 제외)
• 산업연수 목적 체류 외국인(외국인등록증을 보유한 산업연수생)

조문에 없는 실무 관행도 있습니다. 상시 출근하지 않는 자문직, 계약기간이 짧은 단기근로자, 시간제 기술고문, 정부지원사업 인건비로 채용한 임시직이 걸리는 이유는 대개 두 번째 묶음의 “6개월 이상 전담 불가”로 판정되기 때문입니다. 조문상 자동 배제는 아니어도 실제로는 여기서 반려됩니다.

자격 기준은 시행규칙 제2조제4항에서 여덟 갈래로 나뉩니다. 기본이 되는 자연계분야(자연과학·공학·의학계열) 학사 이상과 기사 이상 기술자격은 기업 규모와 무관하게 인정되고 나머지 여섯은 중소기업에만 적용됩니다.

호	자격	필요한 연구개발 경력
1	자연계분야 학사 이상	없음 (규모 무관)
2	기사 이상 기술자격	없음 (규모 무관)
3	자연계분야 전문학사	2년 이상 (3년제 전문대학 졸업이면 1년 이상)
4	산업기사	2년 이상
5	마이스터고·특성화고 졸업	4년 이상
6	기능사	4년 이상
7	학력인정·자격인정자 중 자연계 전공	2년 이상 (3년제 전문대 수준 인정 시 1년 이상)
8	다기능기술자과정 수료	2년 이상 (3년제 전문대 수준 인정 시 1년 이상)

경력은 학위·자격 취득 전의 경력까지 포함해서 셉니다. 중소기업에서 이 자격으로 근무하던 사람은 회사가 중견기업이 된 뒤에도 계속 근무하는 한 자격을 유지하고(같은 조 제5항), 산업디자인 분야와 인정대상 서비스 분야는 별도 기준이 적용돼 자연계 전공 요건이 빠집니다(제6항).

연구공간 — 파티션은 안 된다

반려가 가장 많이 나오는 항목입니다. 시행규칙 제2조제2항제1호의 원칙을 그대로 옮기면 이렇습니다.

고정된 벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분하여 독립적인 공간을 확보할 것

그러니 파티션처럼 이동 가능한 칸막이는 원칙적으로 안 되지만 예외가 두 가지 있습니다.

① 50㎡ 예외. 다음에 해당하는 곳이 50㎡를 초과하는 면적을 확보할 수 없는 경우에는 칸막이 등으로 다른 부서와 구분되기만 해도 독립공간으로 봅니다.

• 「중소기업기본법」상 중소기업자가 설립한 연구소·전담부서
• 연구개발형 중소기업이나 벤처기업이 설립한 연구소·전담부서
• 정보서비스업 또는 소프트웨어개발 공급업을 하는 기업의 연구개발부서

작은 회사라면 사실상 이 예외 말고는 길이 없습니다. 조건이 “50㎡ 이하인 것”이 아니라 “50㎡ 초과를 확보할 수 없는 사정”이라는 점에 주의하세요.

② 벽체 불가 예외. 환기·공기정화·냉난방·소방·연구개발 등의 사유로 바닥부터 천장까지 벽체를 세울 수 없다면 ⓐ 바닥에서 높이 2m 이상의 고정 벽체(분리 이동이 가능한 벽체 포함)와 별도 출입문으로 구분하고, ⓑ 전용 공간으로 명확히 식별되며, ⓒ 건축 관계 법령에 적합하면 인정됩니다.

②는 2026년 새 시행규칙에서 명문화된 길로, 층고가 높은 공장이나 개방형 사무실에서 쓸모가 있습니다.

이 밖에도 걸리는 것들이 있습니다.

• 무허가 건물, 가건물, 주거전용 건물은 인정되지 않습니다. 무허가 컨테이너·조립식 구조물, 신고 없이 증축한 복층도 여기에 포함됩니다
• 회의실 형태도 인정되지 않습니다. 라운드 테이블에 개인 사물 보관 시설이 없고 완전히 개방된 공간은 “상시 근무”로 보지 않습니다
• 연구원 수에 비해 지나치게 좁거나 뚜렷한 사유 없이 과다하게 넓어도 인정되지 않습니다
• 현판을 붙여야 합니다. 스테인리스·플라스틱·나무 같은 반영구적 재질이어야 하며 종이는 안 됩니다. 사무실 일부를 쓰면 그 공간 입구에 직접 붙여야 합니다

집에서 시작한 1인 기업은 대부분 여기서 막힙니다. 주거용 건물은 면적 예외와 상관없이 불가하거든요.

실익 — 왜 받는가

가장 큰 실익은 연구·인력개발비 세액공제로, 연구소나 전담부서로 인정받아야 이 공제의 기반이 생깁니다. 그 밖에 정부 R&D 사업 신청 자격이나 가점, 벤처기업·이노비즈 확인 시 평가 요소, 전문연구요원 제도 활용 같은 것들이 따라옵니다.

다만 순서를 뒤집지 않는 게 좋습니다. 실제로 연구개발을 하고 있어서 인정을 신청하는 것이 맞는 순서입니다. 세금을 줄이려고 연구소부터 만들면 거꾸로 가는 셈입니다. 아래 취소 사유를 보면 그 이유가 분명해집니다.

기업을 심사하는 쪽에서 연구소에 대해 서류로 확인하는 건 인정서가 실제로 있는지, 그리고 연구인력 인건비 세액공제를 어떻게 처리했는지입니다.

취소되는 경우 — 받고 나서가 더 중요하다

인정은 한 번 받았다고 끝나지 않습니다. 법 제8조제1항이 취소 사유 열 가지를 정해 두었습니다.

• 거짓이나 부정한 방법으로 인정받거나 변경신고를 한 경우 (필수적 취소)
• 기업이 인정취소를 요청한 경우 / 기업이 폐업한 경우 (필수적 취소)
• 연구소 폐쇄 사실이 확인된 경우
• 변경사유가 생긴 날로부터 1년 이내에 변경신고를 하지 않은 경우
• 인정기준 미달로 받은 보완명령을 기간 내에 이행하지 않은 경우 (보완 기간은 법 제7조제5항에 따라 1개월 이상으로 정해집니다)
• 준수사항(법 제9조)을 위반한 경우. 연구전담자가 생산·판매·영업 등 다른 업무를 겸하는 것, 단독주택·공동주택·무허가 건물·가건물에 연구소를 두는 것, 매년 연구개발 실적을 제출하지 않는 것이 여기에 들어갑니다
• 다른 법률에 따른 제한으로 연구개발 수행이 불가능해진 경우
• 현장조사를 정당한 사유 없이 거부·방해·기피한 경우
• 연구소의 활동이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 경우

취소 전에는 청문을 거치는데 청문 15일 전까지 사유와 의견제출 방법을 통지받습니다(법 제8조제2항·제3항). 통지가 왔을 때가 소명할 수 있는 마지막 지점입니다.

변경신고 기한은 두 개가 다릅니다. 신고 자체는 사유 발생일부터 30일 이내에 해야 하고(시행령 제7조제2항), 취소로 이어지는 선은 1년입니다(법 제8조제1항제5호). 30일을 넘겼다고 곧바로 취소되지는 않아도 방치하면 1년에서 잘립니다.

실무 사고는 대개 세 군데서 납니다. 연구원이 퇴사했는데 변경신고를 안 한 경우, 사무실을 옮겼는데 그대로 둔 경우, 그리고 연구개발활동조사를 놓친 경우입니다. 셋 다 부정행위와는 거리가 먼 관리 누락인데도 결과는 취소입니다.

취소되면 대가도 뒤따릅니다.

• 거짓·부정으로 취소되면 취소된 날부터 1년이 지날 때까지 인정 신청을 할 수 없습니다(법 제8조제4항). 그 외 사유는 요건만 갖추면 즉시 재신청할 수 있습니다
• 세액공제는 기준일 이후 발생한 비용부터 빠집니다. 기준일은 거짓·부정(제1호)이면 인정일이 속하는 과세연도 개시일, 보완명령 불이행(제6호)·준수사항 위반(제7호)이면 인정취소일이 속하는 과세연도 개시일, 나머지 사유는 인정취소일입니다(조세특례제한법 시행령 제9조제19항)

앞의 두 경우는 기준일이 취소일보다 앞서서 이미 공제받은 비용까지 빠지고, 신고를 마친 뒤라면 수정신고나 경정으로 이어집니다. 변경신고를 1년 넘게 미뤄 취소된 경우처럼 인정취소일이 기준이면 취소 전에 쓴 비용은 이 조항으로 배제되지 않습니다.

그래서 어떻게 하라

• 인원이 부족하면 전담부서로 시작합니다. 1명이면 되고 연구소는 사람이 늘고 나서 생각합니다
• 창업 3년 이내라면 지금이 가장 쉽습니다. 소기업 2명 + 대표 겸직 허용이 이 기간에만 열립니다
• 공간부터 확인합니다. 50㎡를 넘기면 고정벽체와 전용 출입문이 필요합니다. 주거용 건물은 아예 불가입니다
• 정부지원사업 인건비로 채용한 인력도 조문상 연구전담요원에서 자동으로 빠지지는 않습니다. 다만 계약기간이 짧으면 「6개월 이상 연구개발활동 불가」로 반려되기 쉬우니 인원 계획에 여유를 둡니다
• 변경신고 기한과 연구개발활동조사를 캘린더에 넣어 둡니다. 취소 사유의 대부분이 여기서 나옵니다

정리

전담부서는 1명, 연구소는 규모별로 2~10명이 필요하고 창업 3년 이내 소기업은 2명에 대표 겸직까지 허용됩니다.

업력 3년을 넘기면 이노비즈·메인비즈가 다음 후보가 되는데, 그때 연구소·전담부서 실적이 그대로 평가 근거가 됩니다.

사람보다 공간에서 더 자주 막히고, 받은 뒤에는 변경신고와 활동조사에서 더 자주 잃습니다. 벤처기업확인처럼 유지 관리까지 요건에 들어가는 제도라서 한 번 받았다고 끝나지 않습니다.

연구소가 벤처확인과 이노비즈에서 어떻게 쓰이는지는 기업인증에 순서대로 모아 두었습니다.

인원 기준·면적 예외·자격 요건은 개정되므로 인정 신청 전에 한국산업기술진흥협회의 최신 업무편람과 관계법령을 직접 확인하세요.